Je nachdem, wie diese Konfliktsituation zwischen Linienorganisation und Projektorganisation gelöst wird, unterscheidet man verschiedene Arten von Matrixorganisationen. Das Pendant zur Matrixorganisation ist die Reine Projektorganisation (synonym: Projektbasierte Organisation, Autonome Projektorganisation, Pool-Projektorganisation), die sich in Projektorientierten Unternehmen findet.
Der PMBOK® Guide beschreibt drei Stufen der Matrixorganisation:
Diese Stufen unterscheiden sich durch die Befugnisse des Projektmanagers: Bei der Schwachen Matrixorganisation gibt es nur einen Projektkoordinator ohne Befugnisse, bei der Starken Matrixorganisation hat der Projektmanager direkten Zugriff auf die Ressourcen, muss dies aber mit dem jeweiligen Linienmanager abstimmen. Die Ausgewogene Matrixorganisation entspricht in etwa dem Funktionsmeistersystem von Tayor.
In der deutschsprachigen Literatur werden als weitere Formen für die Projektorganisation die Einfluss-Projektorganisation und die Stabs-Projektorganisation (oder Stablinienorganisation) aufgeführt. Beide erweisen sich bei genauerer Betrachtung als Varianten der Matrixprojektorganisation, da die Linienorganisation unverändert bestehen bleibt und die Projektorganisation dieser überlagert wird.
