Im Gegensatz zu anderen Richtlinien für Projektmanagement trennt PRINCE2 konsequent zwischen Abweichungen vom Projektplan, die sich aufgrund von Störungen ergeben und bewusst vorgenommenen Änderungen, die über Änderungsanträge eingebracht und beschlossen werden. Zur Finanzierung von Abweichungen dienen bei PRINCE2 die Kostentoleranzen für Projekt, Phase oder Arbeitspaket. Zur Finanzierung von Abweichungen, die sich aufgrund eines eingetretenen Risikos ergeben, steht ggf. das Notfallbudget zur Verfügung. Änderungen hingegen dürfen gemäß PRINCE2 weder durch Kostentoleranzen noch durch das Notfallbudget finanziert werden. Falls kein eigenes Änderungsbudget vereinbart wurde, muss der Lenkungsausschuss mit Genehmigung eines Änderungsantrags auch für die Finanzierung dieser Änderung Sorge tragen. Um dadurch entstehende Verzögerungen zu vermeiden, ist es deshalb hilfreich, bereits bei der Planung eines Projekts ein eigenes Änderungsbudget zu definieren.

Mit dieser konsequenten Abtrennung des Änderungsbudgets verhindert PRINCE2 den sogenannten "schleichenden Funktionszuwachs", da eine Erweiterung des Leistungsumfangs nicht aus dem regulär geplanten Budget finanziert werden darf. Gleichzeitig schützt dies den vereinbarten Leistungsumfang vor Reduktionen im späteren Projektverlauf. Wenn nämlich früh erfolgte Änderungen die vorhandenen Kostentoleranzen aufbrauchen würden, stünden keine Mittel mehr zur Verfügung, um bei späteren Abweichungen Korrekturmaßnahmen zu finanzieren.

Falls der Lenkungsausschuss die Behandlung von Änderungsanträgen an einen Änderungsausschuss delegiert, sollte dieser unbedingt ein Änderungsbudget zur Verfügung haben.